通灵兽系统是提升战力的重要组成部分。玩家需将角色等级提升至50级方可解锁该系统，随后通过游戏界面右下角的通灵兽图标进入功能模块。通灵兽分为不同品质，蓝色和紫色通灵兽可通过野外直接抓捕获得，每次抓捕均有概率获取碎片，每日单个通灵兽上限为5次，总抓捕次数不超过10次。已拥有的通灵兽无法重复抓捕，碎片可通过随机抽取或通灵之卷兑换获取，系统初始会赠送基础通灵兽豚豚作为起点。
通灵兽的野外分布具有明确的地理坐标属性。例如白虎位于鸦之森(73，54)坐标点附近，小蛞蝓与白虎同地图但坐标不同；镰鼬出现在风之国沙漠(249，43)的绿洲旁，白蛇栖息于火之国森林(146，59)，蛤蟆忠则需前往妙木山池塘(212，10)寻找。部分通灵兽如幻术鸦因体型较小需仔细观察名称标识，死亡森林深处(66，41)的变色龙和(258，61)的幻术鸦均需精准定位。这种空间分布设计要求玩家掌握自动寻路功能与坐标定位技巧。
除野外抓捕外，通灵宝箱每日提供免费抽取机会，使用通灵之卷可进行十连抽（单价63点券），十连抽保底产出紫色品质通灵兽。通灵术达到6级时可自选A级通灵兽，包括蓝蛇、蛤蟆吉、乌鸦、小蛞蝓四选一。通灵商店支持使用积分兑换碎片，积分来源包括仙界战场等活动，而组织拍卖行以75元宝/张的价格流通通灵卷轴。需注意通灵兽碎片的转化比例为1:10兑换为积分。
通灵兽的培养体系直接影响实战效能。每只橙色通灵兽修行满级可增加约4万战力，培养需消耗通灵经验与符文。符文分为沸遁等类型，侧重攻击与忍术加成的符文对战力提升最显著。通灵兽升星需收集对应卷轴，四星可解锁终极技能但需消耗金色卷轴。每月通灵商店刷新时存在兑换数量限制，仅允许兑换当期碎片总量的50%。组织通灵兽玩法要求成员共同培养，通过献祭个人获得的通灵查克拉转化为组织资源，该机制能提升全组织成员的属性加成。
在实战配置方面，通灵兽技能需与主角追打技能形成联动。例如鲛鲨能提升团队12%伤害持续15秒，适配扦插秘卷形成灌伤组合；蛤蟆吉的水铁炮增加10%攻击力且具备范围伤害特性。控制型通灵兽如怒鬼作为S级单位，具有特殊控制效果但获取难度较低。需注意决斗场禁用通灵兽携带规则，而忍界大战等组织玩法中，通灵兽查克拉充沛度分为四个阶段，最高阶段可100%发挥属性加成效果。
