开启元气骑士隐藏关卡的核心方法是根据关卡类型完成特定触发条件。目前游戏内主要存在三种隐藏关卡：溶洞、沼泽和墓穴，分别对应冰雪、森林和遗迹三大基础关卡。每种隐藏关卡的触发机制各不相同，需要玩家在对应地图中完成解谜、献祭或互动等操作才能进入。这些隐藏关卡不仅提供独特战斗体验，还能获得稀有道具和成就奖励。
溶洞隐藏关卡需在冰雪关1-5击败BOSS后触发，概率为50%。该关卡会出现被冰封的矿工NPC，解救后由其带领进入溶洞。溶洞地形布满冰面，移动时会打滑且可能触发顶部冰锥坠落，需特别注意走位。击败溶洞BOSS水滴大王可获得专属BUFF，若死亡复活则会获得DEBUFF。该关卡与常规关卡最大的区别在于环境互动机制，爆炸类武器会引发额外环境伤害。
沼泽隐藏关卡的触发需要先在森林关卡找到奉献池建筑。向池中投入武器进行献祭，武器品质越高获得的献祭值越多，白色武器提供1点，绿色2点，以此类推。当累计献祭值达到5点后，最终BOSS将强制变为变异哥布林祭师。击败变异BOSS后会出现紫色传送门，通过即可进入沼泽关卡。沼泽地面会持续减缓移动速度，且部分宝箱会自动开启。
墓穴隐藏关卡要求玩家在遗迹关卡1-5击败BOSS后，进入额外房间触发石碑谜题。该谜题为符号连接玩法，需要在时限内将相同符号的石块相连并填满所有格子。成功解谜后石门开启出现传送门。墓穴关卡充满陷阱地形，从高处坠落会扣血，而打碎场景中的骨头有概率获得血瓶。守墓甲虫王作为该关BOSS拥有护盾回复机制，建议使用高爆发武器快速破盾。
除常规进入方式外，部分隐藏关卡存在特殊解锁手段。如使用一拳武器直接破坏墓穴石门可跳过解谜，但会消耗该武器；溶洞关卡若使用矿工角色可通过技能直接穿越障碍。三个隐藏关卡全部通关后能解锁谜中谜成就，获得特殊背景音乐奖励。这些隐藏内容的设计体现了开发者在roguelike机制中融入的解谜元素，为游戏增加了探索深度。
